De nombreux indicateurs font état de la grande fragilité de la ressource en eau, autant en quantité qu’en qualité. La majorité du territoire se trouve régulièrement en situation déficitaire et, en dehors des têtes de bassin, l’état des masses d’eau est plutôt médiocre. L’OFB est fortement engagé dans les activités de contrôle en période de crise hydrique.
Par ailleurs, l’hydroélectricité est la seconde source d’énergie renouvelable de la région.
Bien que cette activité localisée n’a que partiellement réduit l’espace vital des poissons migrateurs amphihalins, certaines espèces sont en danger critique sur le bassin de la Garonne comme l’esturgeon d’Europe, la grande alose ou la lamproie marine. L’OFB se mobilise afin que la restauration de la continuité écologique et l’application de la séquence Éviter-réduire-compenser (ERC) soient au centre des projets d’aménagement. Les pêches professionnelles et les pêches amateurs aux engins des poissons migrateurs sont par ailleurs l’objet de contrôles spécifiques.